Štúdiá
V auguste sa Karol aj so svojím otcom presťahoval do Krakova kvôli štúdiu filológie (jazyka a literatúry) na Jagelovskej univerzite. Počas štúdia sa vrhol aj do divadelnej činnosti, pridal sa k študentským skupinkám, ktoré sa venovali recitovaniu poézie a stal sa členom študentskej organizácie Spolku študentov poľského jazyka a literatúry. Začal chodiť na súkromné hodiny francúzštiny. Písal poéziu a pracoval ako dobrovoľný knihovník v univerzitnej knižnici.
Koncom septembra 1938 Karol absolvoval povinný šesťtýždňový vojenský výcvik. V polovici júna zložil skúšky, ktoré mu umožňovali pokračovať v štúdiu. Avšak v roku 1939 prišla 2. svetová vojna, ktorá všetko zmenila.
6. novembra 1939 Nemci zvolali všetkých profesorov Jagelovskej univerzity pod zámienkou, že chcú s nimi prediskutovať obsah prednášok a oboznámiť ich s ideologickými požiadavkami národného socializmu. Ale bola to pasca. Profesorov, ktorí prišli, zatkli a odvliekli do koncentračného tábora. Potom vyplienili univerzitu, zničili knižnice a laboratóriá. Keďže bola univerzita zničená, študenti nemohli pokračovať v štúdiu.
Začiatkom roku 1940 Karol Wojtyła stretol Jana Tyranowského, ktorý Lolka duchovne usmerňoval. Tyranowski bol vodcom spoločenstva Živý ruženec, ktoré tvorili skupiny mladých ľudí. Mali pokračovať v činnosti kňazov zatknutých nacistami. Členom tohto spoločenstva bol aj Karol Wojtyła. Vďaka Tyranowskému Karol hlbšie precítil modlitbu a uchvátilo ho nasledovanie Krista.
Keďže každý telesne zdatný muž, ktorý nemal prácu riskoval deportáciu na povinné práce do Nemecka, musel Karol začať pracovať. Zamestnal sa na jeseň v roku 1940 v kameňolome a neskôr od jari 1942 pracoval v chemickej továrni Solvay. Ťažká práca v kameňolome v neľudských podmienkach, nedostatok stravy a zima sa podpísali natrvalo na jeho zdravotnom stave, už v tom období začal mať problémy. Karol Wojtyła vďaka kameňolomu a továrni, spoznal svet robotníka. Ľudia, ktorých tam spoznal chápali, že štúdium je dôležité, preto Karola kryli, keď v práci čítal a vzdelával sa.
Počas tohto obdobia bol členom ilegálnej ochotníckej hereckej skupiny s názvom Rapsodické divadlo. Ilegálnej, pretože Nemci sa snažili zlikvidovať poľskú kultúru, čiže takéto aktivity boli zakázané. Rapsodické divadlo viedol Mieczyslaw Kotlarczyk, ktorý svojím prísnym vedením vybrúsil Karolovi artikuláciu, tempo a cit pre kontakt s obecenstvom.
Karol Wojtyła bol naďalej aj členom spoločenstva Živého ruženca a formoval mladých ľudí. Aktívne sa snažil rôznym spôsobom pomáhať Židom, ktorým hrozila deportácia.
18. februára 1941 zomrel Karolov otec. Od augusta 1941 ho prichýlila do svojho domu rodina Mieczyslawa Kotlarczyka, aby Karol nezostal sám. Smrť otca ovplyvnila jeho rozhodnutie stať sa kňazom a pred definitívnym krokom zvádzal duševný zápas.
Na jeseň roku 1942 Karol požiadal o prijatie na kňazské štúdium. Prijali ho. Od októbra 1942 vstúpil do tajného katolíckeho seminára, kde tajne študoval pod vedením arcibiskupa Sapiehu v rokoch 1942 – 1946. Naďalej pracoval a tajne študoval cez nočné smeny. Stále hrával s Rapsodickým divadlom, ale napokon musel Kotlarczykovi povedať, že má málo času. Mnohí z jeho priateľov boli proti tomu, aby sa stal kňazom, ale Karol trval na svojom.
V januári 1945, keď Nemci odišli z Krakova, vystúpila Jagelovská univerzita z ilegality, a tak mohol Karol dokončiť štúdium. Počas celého štúdia bol arcibiskup Sapieha pre Karola vzorom cirkevného vodcu. Už vtedy, počas štúdií začal so svojou básnickou tvorbou, ktorú neskôr aj uverejňoval v poľských katolíckych novinách Tygodnik Powszechny pod pseudonymom Andrzej Jawień.
V júli 1946 Wojtyła úspešne zložil skúšky a dokončil štúdium teológie. 1. novembra 1946, na veľký sviatok Všetkých svätých, bol Karol Wojtyła vysvätený za kňaza. Na prianie už kardinála Sapiehu sa Karol zapísal na univerzitu Angelicum (Pápežská univerzita sv. Tomáša Akvinského) v Ríme, aby absolvoval doktorandské štúdium.
15. novembra 1946 Wojtyła odišiel do Ríma a ubytoval sa v Belgickom kolégiu. Tam sa zdokonaľoval vo francúzštine a nemčine a pustil sa aj do štúdia taliančiny a angličtiny. Cez prázdniny cestoval s kolegami po Taliansku. Karol Wojtyła v Ríme urobil doktorandskú dizertačnú prácu a zložil licenciátnu skúšku z teológie. 14. júna 1948 zložil doktorandské skúšky a aj jeho dizertácia uspela, no nemal peniaze na jej vydanie, čo bola podmienka na udelenie doktorandského titulu. Vrátil sa teda do Poľska, kde dizertáciu predložil Teologickej fakulte Jagelovskej univerzity, ktorá mu v decembri 1948 udelila titul doktora teológie.